В связи с сохранением неблагоприятных погодных явлений, усилением ветра и прогнозом, полученным от ФГБУ «Северо-Западное УГМС» о повышении уровня воды в дельте реки Невы до критических значений, принято решение ЦУКС ГУ МЧС России по г. Санкт-Петербургу о применении Комплекса защитных сооружений для предупреждения угрозы наводненческой ситуации.
В 19:06 21 января 2020 года КЗС переведен в режим частичного закрытия. Как и минувшей ночью, затворы шести водопропускных сооружений и судопропускного сооружения С-2 установлены в положение «закрыто». Судопропускное сооружение С-1 не перекрывается. График движения судов по Кронштадтскому корабельному фарватеру согласовывает Капитан Морского порта «Большой порт Санкт-Петербург». Движение автотранспорта по САД КЗС осуществляется в штатном режиме.