Система экологической безопасности на Комплексе уникальна. Это не только выполнение требований международных экологических организаций, европейских финансовых институтов, участвовавших в реализации проекта, но и активный ответ российской стороны экологическим рискам и вызовам. Именно поэтому, при эксплуатации КЗС, как и в период строительства, самое пристальное внимание уделяется вопросам экологии, защите окружающей среды и вод акватории Балтийского моря.