Многочисленные экологические экспертизы, проведённые в конце 1980-х и начале 1990-х гг., подтвердили выводы природоохранных разделов проекта КЗС. В 1990-м году большую работу провела Международная экспертная комиссия, состоящая из высококвалифицированных специалистов шести стран (Нидерландов, Великобритании, Дании, Италии, Финляндии и США). Она подтвердила незначительность влияния на окружающую среду Комплекса защитных сооружений.

Только из объемов обратной засыпки грунта (36,7 млн.куб.м), отсыпки скальных пород (5,76 млн.куб.м) и уложенного бетона (2,5 млн.куб.м), используемых при строительстве КЗС можно было построить 18 пирамид Хеопса (2,5 млн.куб.м).

По проекту, судопропускной канал С-1 способен пропускать суда водоизмещением до 90 000 тонн. Но, в настоящее время, в пассажирский порт Санкт-Петербурга регулярно заходит паром «Regal Princess» водоизмещением 140 000 тонн. Это стало возможным благодаря тому, что в кораблестроении применяются современные облегченные материалы и при сохранении осадки судна его водоизмещение значительно увеличивается.

Движение автомобильного транспорта через канал судопропускного сооружения С-2 обеспечивает мост общей длиной почти 1500 метров.  Мост оснащен подъемным пролетным строением. Его высота над водой 16 метров. В случае необходимости, всего за 2-3 минуты, пролет способен подняться вверх еще на 9 метров. Современная система электропривода, тросов и противовесов расположена в опорах моста.  

Самое длительное закрытие Комплекса защитных сооружений для предотвращения угрозы наводнения было проведено с 6 на 7 декабря 2015 года, и составило 41 час (проектом предусмотрено максимальное время закрытия КЗС до 48 часов).