Привычные петербуржцам круглогодичные и частые осадки, смешиваясь с песком и дорожной грязью, с остатками горюче-смазочных материалов, резиновой крошкой истираемых покрышек, образуют неприглядный поток, стремящийся уйти в Балтику. Необходимо защищать море от вредных последствий бесконечного движения автомобилей по магистрали, идущей по защитным сооружениям. Для этого на Комплексе оборудована система водоотводных труб и лотков.
Из лотков вода по полимерным трубам попадает в локальные очистные сооружения, которых построено 36. Они расположены на невской стороне дамбы. Здесь происходит глубокая очистка собранного поверхностного стока. Для этого используются комбинированные отделители песка и нефти с сорбционным блоком доочистки и колодцем для взятия проб. Производительность таких отделителей 20-30 л/с.
Для очистки диффузного стока с проезжей части шести мостов над водопропускными сооружениями также применена система водоотводных труб и лотков, размещенных под пролётами мостов. Оттуда вода поступает на очистку в специальные комбинированные фильтр-патроны, заправленные клиноптиллолитом и активированным углём. 118 таких фильтр-патронов закреплены на опорах мостов КЗС.
Очистка поверхностного стока производится в автоматическом режиме до значений, разрешающих сброс очищенных вод в водоёмы, имеющие рыбохозяйственное значение.
В целях компенсации за занятый под строительство КЗС участок акватории Финского залива, в начале 1990 гг. недалеко от Ивановских порогов был специально построен рыборазводный завод.
Его производительность – 100 тыс. мальков лососевых (покатников лососевой молоди). Это способствует воспроизводству популяции лосося в Балтийском море.
Дирекция Комплекса успешно реализовала программу водоохранных мероприятий, разработанную ею в соответствии с требованиями Водного Кодекса и Водной стратегии России на период до 2020 года.
Впервые в Европе обеспечена стропроцентная очистка поверхностного стока от загрязнений с проезжей части морского участка кольцевой автодороги.
Убедительным свидетельством благополучного состояния природной среды в районе
Комплекса стало сохранение условий для отдыха почти 60 видов водных
и околоводных птиц, ежегодно мигрирующих через Финский залив.