Заросли высшей водной растительности на мелководьях Невской губы и восточной части Финского залива формируют особые экосистемы – плавни. Водная растительность играет очень важную роль: укрепляет берег, очищает воду, формирует особые условия жизни водным организмам, предоставляя пищу и убежище.
С целью компенсации утраченных естественных нерестилищ для многих видов рыб в связи с созданием в 1980-х и начале 1990-х годов намывных территорий на естественных мелководьях Невской губы, в результате исследований, проведенных в период строительства КЗС, а также в соответствии с рекомендациями ТЭО завершения строительствыа КЗС, были созданы мелководные участки в акватории, примыкающей к северо-западной части о. Котлин, с использованием чистого песчано-гравийного материала, полученного после разборки временных перемычек водопропускных сооружений КЗС.
Таким образом, комплекс оказал существенное влияние на распределение водоплавающих и околоводных птиц в восточной части Финского залива, и облегчил им сезонные миграции через Невскую губу, давая возможность промежуточного отдыха при пересечении акватории. Убедительным свидетельством благополучного состояния природной среды в районе Комплекса стало сохранение условий для отдыха почти 60 видов водных и околоводных птиц, ежегодно мигрирующих через Финский залив.
С середины июля плавни КЗС облюбовали цапли. Уже несколько лет подряд, в этот период времени, они прилетают в эти места. Орнитологи предполагают, что это может быть связано со сложившимися благоприятными условиями вблизи КЗС. На мелководье дамбы Д-6, можно лицезреть этих грациозныx, но очень пугливых птиц.
В этой связи всегда важно помнить, что вольное или невольное вторжение человека в хрупкий экомир, не должно нарушать его сложившегося равновесия и естественного развития. От нашего бережного и заботливого отношения к уникальному животному и природному миру зависит насколько гармоничным и успешным будет наше взаимное существование.