Для предотвращения угрозы морских нагонных наводнений пролет судопропускного сооружения С-1 оборудован уникальным двухстворчатым плавучим затвором.
Затвор С-1 состоит из двух симметрично выполненных створок, каждая состоит из батопорта, опорной рамы, шаровой опоры и системы электро-механического привода.
В режиме «хранение» две части затвора находятся в сухих доках, отделенных от акватории доковыми воротами. Для перекрытия канала С-1, в случае угрозы морского нагонного наводнения, затвор переводится в положение «закрыто». Для этого доки заполняются водой - створки всплывают. Данная технологическая операция занимает около 20 минут и проводится на этапе подготовки сооружения к работе. После открытия доковых ворот электро-механический привод за 30 минут перемещает затвор на центральную ось канала. Далее, за 15 минут затвор погружается на порог канала глубиной 16 метров, принимая балласт из забортной воды. Над водой возвышается часть затвора высотой 5,5 метра. Таким образом, затвор перекрывает пролет судоходного канала, не давая нагонной волне ни малейшего шанса пройти к Санкт-Петербургу через защитный барьер.
В мире подобная конструкция перекрытия канала применяется только в Нидерландах. На реке Маас расположено сооружение по защите от наводнений Роттердамских гаваней – Maaslandkering.