Для предотвращения подъема уровня воды в дельте Невы до критических значений 20 января 2020 года был частично задействован Комплекс защитных сооружений. В 18:35 20 января были закрыты шесть водопропускных сооружений и судопропускное сооружение С-2. Судопропускное сооружение С-1 не закрывалось для сохранения возможности движения судов по корабельному фарватеру. Максимальный подъем уровня воды на водомерном посту «Горный институт» был зафиксирован в 05:34 21 января и составил +151 см БСВ.
Алгоритм частичной изоляции акватории Невской губы от Финского залива (без С-1) позволяет понизить расчетный уровень воды в дельте Невы на 5-10 см, по сравнению с ситуацией, когда КЗС не задействуется. Таким образом, закрытие части водопропускных отверстий исключило вероятность превышения уровня воды в Санкт-Петербурге отметки наводнения (+161 см).
В настоящее время затворы Комплекса защитных сооружений полностью открыты. Уровень воды у Горного института стабильно понижается.